Անիի մասին առաջին հիշատակումները թվագրվում են վաղ միջնադարին՝ 6-րդ դարին՝ որպես Կամսարական իշխանական տան ամրոցներից մեկը։ Հայ մատենագիրներից այդ մասին են վկայում Եղիշեն ու Ղազար Փարպեցին։ Ավատատիրական հարաբերությունների սկզբնավորման շրջանում Մեծ Հայքը գտնվում էր Արշակունիների թագավորության ներքո։ Արաբական տիրապետության ընթացքում՝ 9-րդ դարի սկզբին, Հայոց իշխան Աշոտ Բագրատունի Մսակերը (791-826) Կամսարականներից գնել է Արշարունիք և Շիրակ գավառները՝ Անի ամրոցով։

Զարգացած միջնադարում՝ 961-1045 թվականներին, Անին Բագրատունիների թագավորության մայրաքաղաքն էր։ Վերջինիս սահմաններում ընդգրկված էին Հայկական լեռնաշխարհի գրեթե բոլոր գավառները՝ Սևանա, Վանա և Ուրմիո լճերի միջև։ 13-րդ դարի պատմիչ Սիբթ իբն ալ-Ջաուզին հայտնում է, որ նախքան սելջուկների կողմից Հայաստանի գրավումը (Մանազկերտի ճակատամարտ), հայոց մայրաքաղաքի բնակչությունը հասնում էր մեկ միլիոն մարդու, որոնց մի մասը սպանվում է, իսկ կենդանի մնացածները գերի են վերցվում^[2]։ Ավելի ուշ շրջանում, կապված Վրաց թագավորության զորեղացման հետ, Արևելյան Հայաստանում ստեղծվում է Զաքարյան իշխանապետությունը, որի կենտրոնը նորից դառնում է Անին^[3]։